Pražský jednotný splachovací kanalizačný systém navrhol v roku 1893 britský špecialista William Heerlein Lindley (1853–1917), v tom čase mestský inžinier vo Frankfurte nad Mohanom. Využil pritom dva staršie projekty, ktoré vytvorili na jednej strane Jan Kaftan a James Hobrecht, na druhej strane Josef Václavek a Vincenc Ryvola (1849–1917). Práve Ryvola v rámci mestskej kanalizačnej kancelárie riadil projektovanie, stavbu a následne aj prevádzku mechanickej čistiarne odpadových vôd v Bubenči, ktorej parametre stanovil Lindley. Štyri hlavné stoky ústili do 34 metrov dlhej podzemnej nádrže, zakrytej tehlovou klenbou s rozpätím 12 metrov, kde sa z odpadovej vody najprv pomocou mreží a pohyblivých česiel odstraňovali hrubšie nečistoty, pričom na jej kužeľovitom dne sedimentoval piesok a popol. V desiatich 87 metrov dlhých klenutých stokách v podzemí južne od prevádzkovej budovy následne sedimentoval jemný organický kal, ktorý bol odčerpávaný a využívaný ako hnojivo, zatiaľ čo vyčistená voda odtekala do Vltavy. (...)
Stavba bola v auguste 1901 zadaná firme umelecky ambiciózneho architekta a staviteľa Quida Bělského (1855–1909), ktorá pôvodný strohý projekt nahradila architektonicky pozoruhodným riešením. Budova bola dokončená v roku 1905, nasledovala montáž technológie: potrubia, nádrže, mostové aj výťahové konštrukcie, rovnako ako povodňové a kalové čerpadlá v suterénoch dodala Prvá českomoravská továreň na stroje v Libni. Akciová spoločnosť strojárne, predtým Breitfeld, Daněk & spol. v Karlíne, vyrobila dva horizontálne parné stroje s výkonom 60 HP s príslušnými parnými kotlami, umiestnenými v prízemí západného krídla budovy vybavenej 30-metrovým komínom. Spád odpadových vôd poháňal v špeciálnej podzemnej komore dnes už nedochované vodné koleso, ktoré poháňalo ventilátory v šachtách ústiacich do druhého, východného komína.
Dňa 27. júna 1906 bol spustený skúšobný režim čistiarne. Jej technológia bola približne každých dvadsať rokov modernizovaná, no až v roku 1967 ju nahradila nová čistiareň na Císařskom ostrove, ktorá však až do polovice 80. rokov využívala jej sedimentačné nádrže.
Od roku 1991 je stavba kultúrnou pamiatkou, od roku 2010 má štatút Národnej kultúrnej pamiatky, najvyššieho stupňa ochrany v Českej republike, a v roku 2020 bola navrhnutá na zápis do zoznamu Svetového dedičstva UNESCO. Od roku 1988 tu pôsobil dobrovoľnícky spolok, ktorého členovia obnovili prevádzku oboch parných strojov a v roku 1992 založili nadáciu, ktorá umožnila prestavbu budovy na Ekotechnické múzeum. To dnes spravuje mesto Praha prostredníctvom svojej správcovskej spoločnosti.